Kirkens store orgel på sydgalleriet stammer fra 1938, hvor det blev taget i brug til erstatning for kirkens ældste orgel fra 1878, som blev ubrugeligt efter installationen af et nyt varmeanlæg.
Tilsyneladende har førnævnte trængsler med fremskaffelsen af de nødvendige midler til kirkebyggeriet også haft det resultat, at kirken ved indvielsen i 1877 ikke havde noget orgel.
Hvornår det første orgelbygget af orgelbygger Køhne kom i brug vides ikke, men i protokollatet fra kirkesynet 7. November 1878 læses, at ”det nye orgel var opsat og taget i brug og at professor Gade udtrykker sin tilfredshed med det”. Kirkens første organist var Johan Martin Zeise. i 1926, til kirkens 50 års jubilæum, blev orglet udvidet og efterset af orgelbygger F. Starup. I de næste ti år var der en del problemer med orglet, som endeligt blev erklæret kassabelt i 1936.
Firmaet F. Starup og søn fik til opgave at bygge det nye orgel, hvor dog en del stemmer fra det oprindelige orgel genbrugtes. Orglet er bygget med pneumatiske taschevindlader og har 42 stemmer med 3.126 piber fordelt på 3 manualer og pedal. Kirkens daværende organist opstillede dispositionen for orglet og skitserede den nye facade, som blev tegnet af arkitekt A.F. Rønnow. I 1940 blev orglets klokkespil fornyet ” Til minde om snedkermester A. Chr. Jørgensen og hustru Cathrina”. I forbindelse med kirkens hovedrestaurering lykkedes det et orgeludvalg med daværende kirkeværge arkitekt Ole Schultz i spidsen at få integreret en gennemgribende istandsættelse af orglet. Da det anses for at være en vigtig repræsentant for dansk orgelbyggeris pneumatiske periode og er opstillet i et akustisk fremragende rum, besluttede man tidligt i forløbet, at orglet skulle bevares, som det var. Firmaet Th. Frobenius stod for denne istandsættelse.
Kirkens kororgel på 5 stemmer er bygget af den hollandske orgelbygger Henk Klops. Det blev indviet d. 17. februar 2001 og er skænket kirken som testamentarisk gave af Mary Andrea Catherina von Lindholm.